Der Bahnhof besitzt mehrere Gleise, wovon aber nur vier über einen Bahnsteig zugänglich sind (Stand: 2007). Weitere Gleise dienen vor allem dem Autozugverkehr. Die Personenzüge fahren planmäßig wie folgt:
Gleis 1: Fern- und Regionalzüge von und nach Westerland, Züge von und nach Dagebüll, um Anschluss per Kurswagen zu geben (am Gleis 1 existiert zusätzlich noch die Bahnsteigkante des Hausbahnsteigs aus der Bauzeit der Strecke - im Bild 1 rechts zu sehen - diese ist aber für Fahrgäste nicht mehr zugänglich). Zugfahrten sind auch von und nach Husum möglich. Gleis 2: Fern- und Regionalzüge von Westerland nach Husum, Züge von und nach Dagebüll, um Anschluss per Kurswagen zu geben
Gleis 3: Fern- und Regionalzüge von Husum nach Westerland
Gleis 4: Regionalzüge von und nach Dänemark. Zugfahrten sind von und nach Husum und von und nach Westerland möglich.
Niebüll von oben - Gleisverlauf und Bahnhofsgebäude der Deutschen Bahn Sylt-Shuttle in Niebüll im Bundesland Schleswig-Holstein, Deutschland. Der auf dem Bild sichtbare Hausbahnsteig wurde bis 1981 für die Grenzabfertigung von nach/aus Dänemark fahrenden Zügen genutzt. Weitere Niebüller Bahnstationen
Auf der anderen Seite des Vorplatzes des DB-Bahnhofs befindet sich der Bahnhof Niebüll neg.